Cette petite espèce est très semblable aux Murin d'Alcathoe et Murin à moustaches. L'identification sur le terrain entre ces trois espèces reste très délicate même pour des spécialistes. Le Murin de Brandt fréquente lui aussi des habitats forestiers, volontiers ouverts et plutôt frais, voire humides, ne craignant guère l'altitude dans les contrées méridionales de son aire de répartition qui s'étend jusqu'au 65ème parallèle de latitude Nord. Très rare au Sud d'une ligne qui va de Bordeaux à Nice, l'espèce a été détectée, sporadiquement, en région méditerranéenne.